件けん

Literal: Quanto àquele assunto, está naquele estado de antes.

あの件は marca "aquele assunto" como tópico. あのまま = "daquele jeito (como estava antes), sem mudança": あの (aquele) + まま (estado inalterado). である é a cópula formal "ser/estar". O sentido é que a situação não mudou nada, continua como estava.

Literal: Quanto a esse assunto, (eu) já estou tendo ciência.

その件 ('esse assunto') é o tópico, marcado por は. O advérbio もう ('já') indica que o estado já se concretizou. O núcleo é 承知しています, a forma ている de 承知する, que aqui expressa um estado contínuo: 'estar ciente / já saber'. A escolha de ている (e não só します) deixa claro que é uma situação atual de conhecimento, não uma ação pontual.

Literal: Quanto ao caso, não é o caso (não quer dizer) que tenha terminado.

A frase usa 動詞 (forma passada) + わけではない para negar uma conclusão que se poderia tirar: não se quer dizer que o caso já acabou. O verbo 終わった ('acabou') vem antes de わけではない. Diferente de わけがない (que nega a possibilidade), わけではない apenas nega a interpretação total, deixando entender que o assunto ainda continua.

Literal: Quanto a esse assunto, com você (eu) não concordo.

A frase abre com o tópico 'その件に関して' (a respeito desse assunto), usando o padrão 〜に関して para delimitar de QUE se está falando. Em seguida vem 'あなたに' (com você), o alvo da concordância marcado por に, e o núcleo verbal '同意しません' (não concordo), que é o substantivo 同意 + する na forma educada negativa.